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本案甲公司於民國（以下同）99 年分別獲配國內外轉投資公司所分配之股利，惟於 99 年 11 至 12 月當期營業稅申報書僅將國內獲配之股利申報計入免稅銷售額，並按「比例扣抵法」計算全年度不得扣抵比例，據以計算全年不得扣抵之進項稅額，嗣後經稽徵機關查獲甲公司漏未將所獲配境外公司之股利申報，計入年底最後一期之免稅銷售額，致全年度不得扣抵比例計算錯誤，而有虛報進項稅額之情事， 除補徵甲公司所漏稅額外，並課以違章罰鍰。
於調查階段甲公司主張改採「直接扣抵法」計算全年不得扣抵之進項稅額，惟稽徵機關以甲公司於 99 年 11 至 12
月當期營業稅已自行按比例扣抵法計算年底調整稅額，嗣於核課確定後方始主張欲改採直接扣抵法，核與財政部 99 年3 月 29 日 台 財 稅 字 第
09904501540 號 令 規
定不符，且「兼營營業人營業稅額計算辦法」關於計算調整應納稅額，既有比例扣抵法及直接扣抵法可供選擇，而稅法上選擇權之行使本身即為確定納稅義務之方法，選擇權一經行使，除稅法本身另有規定外，即不容其恣意變更為由，否准甲公司改按直接扣抵法計算全年不可扣抵之進項稅額。本文擬從「兼營營業人營業稅額計算辦法」之立法沿革切入，並透由稅捐稽徵法及租稅法律主義等不同角度深入探討此項稅務爭議，以期能夠消弭徵納雙方之歧見。
兼營營業人營業稅額計算辦法
立法沿革
我國營業稅採加值型體系，即營業人每期銷售貨物或勞務開立發票之銷項稅額減除其取得之進項稅額後之餘額，為營業人當期營業稅之應納稅額或留抵稅額，但並非全部之進項稅額皆可用來扣抵銷項稅額，像是非供本業及附屬業務使用之貨物或勞務之進項稅額，或是酬勞員工與交際費所含之進項稅額皆屬不得扣抵之進項稅額，也包括營業人專營免稅業務者，其因銷售免稅銷售額所產生之進項稅額，亦不得用來扣抵其銷項稅額。因此，若係同時兼營應稅及免稅貨物或勞務之營業人，就必須計算其不得扣抵銷項稅額之進項稅額，方符合加值稅之基本精神。而所謂不得扣抵比例，係指免稅銷售淨額占全部銷售淨額之比例，也就是當兼營營業人之免稅銷售額愈大，其不得扣抵比例就愈高，則所計算出來之不得扣抵進項稅額就會越高。