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自民國（ 以下同）79 年營利事業之證券交易所得免稅以來，稅法便要求以買賣有價證券為業之營利事業，除可直接合理明確歸屬之營業費用及利息支出，依個別歸屬認列外，應就無法明確歸屬之利息支出，分攤至免稅之出售有價證券收入項下。而最初財政部83年2 月8 日台財稅第831582472 號函（以下簡稱83 年函）係規定以有價證券出售收入，占全部收入之比例分攤之。惟就經營有價證券較具規模之金融業者如綜合證券商與票券金融公司而言，考量逕以收入比例分攤恐將虛增其分攤至免稅收入項下之利息支出，導致與其經營實情相悖之結果。
財政部因此於85 年8 月9 日發布台財稅第851914404 號函（ 以下簡稱85 年函），
特別規定綜合證券商及票券金融公司得以有別於收入比例的方式分攤利息支出，即利息支出無法明確歸屬者，如利息收入小於利息支出，則全部利息支出得在課稅所得項下減除；如利息收入小於利息支出，其利息收支差額應以購買有價證券平均動用資金，占全體可運用資金比例（以下簡稱動用資金比例）作為分攤基礎，計算有價證券出售部分應分攤之利息，不得在課稅所得項下減除。
後於96
年財政部發布「營利事業免稅所得相關成本費用損失分攤辦法」（以下簡稱免稅所得分攤辦法），對於以免稅資產（房地、有價證券、期貨）買賣為業者，其利息支出之分攤，原則上一律採用類似85
年函之方式，也就是針對無法明確歸屬之利息支出，與利息收入比較後，利息收入小於利息支出之差額，以前述「動用資金比例」來分攤至免稅業務項下。
85
年函之發布，使綜合證券商以較合理方式分攤利息支出之立意雖好，實務卻因稅務稽徵機關核定與業者存有重大歧見，引起許多稅務爭訟；免稅所得分攤辦法發布後，其有關利息支出分攤之規範仍以85
年函為主，因此爭訟並未因而消解。以下歸納說明徵納雙方間主張之差異：
爭議一：「可明確歸屬」之認定
由上述可知，在分攤利息支出前，應先判斷是否有可明確歸屬之利息支出，若有，便依個別歸屬情形認列，之後再針對無法明確歸屬之利息支出，與利息收入比較後，就前者大於後者之差額按動用資金比例進行分攤計算。然而，以綜合證券商而言，雖然有自營、承銷、經紀三大業務部門，惟公司整體資金實係混同調度運用，並無專案借款及專款專用情形，縱使同一業務部門所產生之收入與利息支出具有關連性，惟倘以稅務機關向來認定直接歸屬時，要求須有明確且嚴格之逐筆舉證，否則納稅義務人主張全部之利息支出均為無法明確歸屬，而多數綜合證券商全部利息收入會大於利息支出，導致不須分攤利息支出的結果。
然而，稅務機關對此卻有截然不同的處理方式，稅務機關首先會把「業內」（也就是三大部門內）產生的利息收入與利息支出都先歸類為可明確歸屬，但有個例外—即債券的附買回（RP）
利息支出及附賣回（RS）
利息收入，此二者雖然也是業內所發生，但卻會被稅務機關以「其係融資行為」為由歸類為無法明確歸屬；接下來，非屬業內部門的利息收入與支出多半會被歸類為無法明確歸屬，但也常有例外，有時稅務機關會以字面判斷認為某些業外利息收入或利息支出為可明確歸屬（例如把存出保證金利息收入及存入保證金利息支出認定為可明確歸屬，但其實該存出保證金與存入保證金並無關聯）。