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納稅者權利保護法已自2017 年12 月28日施行。以下從納稅者權利保護法討論於企業合併時，對參與合併公司合併前虧損扣除是否涉及其財產權保障。
虧損扣除本質
究屬量能課稅或是租稅優惠？
憲法第7
條之平等原則，即相同的事物應為相同處理，不同事物為不同處理，在稅法上則實踐於租稅平等原則，稅租平等原則在稅捐的核課上則體現於量能課稅原則，即依實質負擔能力繳納稅捐，以經濟負擔能力作為衡量租稅公平的標準，納稅者權利保護法第5
條「納稅者依其實質負擔能力負擔稅捐，無合理之政策目的不得為差別待遇」及司法院大法官釋字第565 號解釋均揭櫫此原則。
然在經濟發展目標下，政府不免透過租稅政策給予特定範圍的納稅人減輕或免除租稅之優惠措施，如「產業創新條例」或「促進民間參與公共建設法」中之投資抵減或免徵所得稅等租稅措施，均為達成特定政策目標，而給予之優惠，惟此等租稅優惠為量能課稅原則之例外，在租稅公平及經濟發展中間必須權衡協調，以避免租稅優惠過度，此亦為納稅者權利保護法第6
條所揭櫫之原則。
關於所得稅法第39 條第1
項但書虧損扣除之本質，究係踐行量能課稅或是租稅優惠？觀察該條立法理由「以往年度虧損原則上不得列入本年度計算，但以年度為期限，計算營利事業之所得，常使變動性大之所得，負荷過重。」及2009
年1 月21
日修正虧損扣除年限為十年之修正理由：「一、為提高企業競爭能力及促進稅制公平合理，並考量企業永續經營及課稅能力的正確衡量，參照其他國家做法，將第一項規定得扣除『前五年』虧損，放寬為『前十年』虧損。二、有關營利事業得扣除經稽徵機核定前五年內各期虧損規定，自1989
年12月30
日修正迄今已超過十七年，期間歷經多次產業轉型，對於多數需投入大量資本或研發成本致營業初期虧損期限較長產業，原前五年核定營業虧損扣除規定已不合時宜。」可見所得稅法第39
條但書係考量企業營業活動係持續進行，然基於國家財政的需要，在稽徵技術上需以年度作為計算所得課徵稅捐之基礎，然此等強制的採年度劃分，在面對產業營業週期所得波動劇烈，或是營業初期虧損期限較長產業時，若不准跨年度虧損扣除，將造成盈餘年度所繳納之稅負，超出真實所得所應負擔稅負之不合理現象，似有違量能課稅原則，是以所得稅法第39
條第1 項但書虧損扣除規定之本質，並非為達成特定政策目的而給予之租稅優惠，而是具體落實憲法平等原則下之量能課稅。
企業併購之租稅獎勵繼受
企併法分別做不同規範
當企業因營業發生虧損而形成可於未來一定年限內依所得稅法第39 條第1
項但書扣除未來獲利年度純益之權利，此種可減少未來所得稅負之權利實為企業之財產權，應當受合法保障不受侵害；此與為達成政策目的而給予的租稅獎勵是否因合併而繼續給予獎勵有所不同，對於企業評估是否進行併購，勢必產生一定程度影響，惟為維持租稅之中立性，便利企業以併購進行組織調整，發揮企業經營效率，排除各種法律對於企業併購之障礙，特以立法頒布企業併購法，其中對於各參與合併公司在合併前之租稅獎勵及虧損扣除做不同規範如下：
1. 租稅獎勵（第42條）：
為落實獎勵目的，原則上合併後存續（或新設）公司得繼續承受消滅公司於合併前就合併之財產或營業部分依法已享有而尚未屆滿或尚未抵減之租稅獎勵。但依適用之獎勵不同尚有下列限制，適用免徵所得稅之獎勵者，應繼續生產合併消滅公司於併購前受獎勵之產品（或勞務），且以合併後存續（或新設）公司中，屬消滅公司原受獎勵且獨立生產之產品（或勞務）部分計算之所得額為限；適用投資抵減獎勵者，以合併後存續（或新設）公司中，屬合併消滅公司部分計算之應納稅額為限。