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隨著《互聯網平台企業涉稅信息報送規定》正式上路，整個中國電商產業正式迎來「資訊透明化」的新階段。自去（2025）年10月開始，不論是中國境內還是跨境電商平台，都必須向稅務機關提供賣家的身分資料、交易金流、以及收入明細等關鍵資訊。從目前執行狀況觀察，稅務機關透過與企業既有申報資料進行交叉比對後，發現兩者之間存在顯著落差，因此向相關企業發出「申報資料異常」的預警通知。值得注意的是，跨境電商由於其營運模式之特殊性，且日常經營同時受到外匯、海關、出口退稅等多重面向的監理，在弭平上述「資料差異」的過程中，面臨比純境內電商更為複雜的挑戰，建議關注重點如下。
跨境電商實務營運結構主要特徵
採用「多店鋪、多主體」之營運架構
實務運作上，多數中國跨境電商企業仰賴「多店鋪、多品類、多庫存商品編碼（SKU）」的經營策略，以有效增加產品銷量及市場覆蓋。然而，主流的跨境電商平台通常對同一法律主體開設多個店鋪設有嚴格限制。基於商業考量、資金運作效率，以及營運風險控管等因素，往往透過設立多家法律上獨立之公司主體，分別註冊與營運不同店鋪。儘管這些註冊店鋪在法律上具獨立法人地位，惟從實質經營層面觀察，通常仍由同一跨境電商集團進行集中控股與統一管理，此種「法律分散、實質集中」之結構，亦為後續稅務認定與利潤歸屬爭議主要來源之一。
即時且複雜之跨境金流管理
跨境電商營運過程中涉及大量發生在境外的支出項目，例如採用FBM（自發貨）模式下的海外倉儲費、末端物流費用、海外平台廣告推廣費，以及電商平台收取之服務費與佣金等。實務上，為強化資金使用效率，常透過跨境支付平台或於自由港、境外設立收款主體進行統一收支管理，形塑出高度跨境化且即時流動之金流架構，亦使稅務申報與資金監理之複雜性同步提升。