日本是臺灣第三大貿易夥伴及外資與技術的主要來源之一；臺灣則是日本第四大貿易夥伴，據經濟部國貿局統計，2014年雙方貿易總額約為616億美元，近年互相投資金額亦持續增長。資誠聯合會計師事務所日前舉辦「解析臺日租稅協定」記者會，分析臺日租稅協定對企業的影響。
資誠聯合會計師事務所稅務法律服務副營運長林東翹指出，臺日租稅協定生效後，對雙方企業將產生三大影響，分別為：
一、 改變臺商對日本的投資架構及營運模式；
二、 日商對大陸投資的跳板；
三、 適用10%優惠稅率。
臺商對日本的投資架構及營運模式方面，林東翹表示，部分臺灣企業投資日本的架構延襲原來對中國的投資模式而採用間接投資方式，一旦要使用租稅協定的優惠稅率，則必須採用直接投資，勢必要對投資架構進行調整。臺灣企業欲打入日本之商品，過往若設有發貨倉庫而非常設機構（PE），仍需在日本課稅，而在租稅協定規範下，符合一定條件之營業行為，在日本免徵所得稅。