商譽認列一直為併購過程中首要關心的議題之一，多數人認知商譽是對於未來獲利能力的評估、具有較高的不確定性，因此，稽徵機關從稅務角度觀之，商譽在計算上徵納雙方常有爭議。本文整理近幾年徵納雙方有關併購衍生的稅務爭訟案件，提供讀者未來併購架構規劃時參考。
企業併購十多年來從未間斷，從民國80年代後期晶圓雙雄透過合併來擴充規模、到90年代初期的電信事業整併、金融業整合金融控股公司興起、90年代後期私募基金來臺併購、集團專業分工組織再造，以至於前幾年面板廠整合、到最近幾個公開收購及股份轉換的案件，而併購過程中所衍生的稅務爭議也從未停歇，從虧損扣抵及租稅獎勵繼受、商譽及無形資產攤提、融資併購利息支出扣抵，到併購所得實現與課徵，有的爭議財政部即時發布了租稅解釋，減少不少稅務爭訟案件發生，但也不乏徵納雙方爭執不下，現在仍處於稅務爭訟狀態。以下係整理幾個最近幾年徵納雙方有關併購衍生的稅務爭訟案件，提供未來併購架構規劃時參考。