又到了每年 5 月報稅時節，營利事業於申報營所稅時，房地合一 2.0 之交易所得須與營所稅本稅課稅所得分開計稅，再合併計算基本所得額進而計算基本稅額，以與一般所得稅額作比較，後者若低於前者則應繳納最低稅負。不過，房地合一交易若產生損失，在計算最低稅負的總「課稅所得額」可能面臨不利情況，因為表格規定損失不計，故無法與本稅課稅所得正負相抵，有損納稅義務人權益。
本稅課稅所得額之計算可認列損失
111 年度營利事業所得稅申報書第 1 頁損益及稅額計算表（以下簡稱申報書第 1 頁）第53 欄「全年所得額」，為「當年度營業淨利」加「 非 營 業 收 益 」
減「 非 營 業 損 失 」 計 算 而得。「全年所得額」減去各項免稅所得等，為「課稅所得額」，再乘上 20%
為當年度營所稅額。而各項免稅所得，常見的減項包括證券交易所得、符合獎勵之免稅所得等。
由於房地合一交易所得須與當年度所得分開計稅，因此須藉 134 欄從「課稅所得額」減除。這是因為營利事業在計算「非營業收入」時，須將房地合一交易所得計入如 40
欄「處分資產利益」，因此在計算本稅營所稅額前，須先將房地合一交易所得自課稅所得減除。
房地合一交易分開計稅
表格餘額不顯示損失
營利事業申報房地合一交易所得，則須填寫申報書第 C1-1 頁「交易符合所得稅法第 4 條之 4
規定房屋、土地、房屋使用權、預售屋及其坐落基地暨股份或出資額之收入、成本、費用、損失明細表」。134 欄金額納入第 C1-1 頁之交易所得 或 損
失（A1、A2、A3欄），減去當年度不同稅率之交易損失減除額、前十年核定之交易損失減除額，為課稅所得或損失（D1、D2、D3 欄 ），
再減去土地漲價總數額（F1、F2、F3 欄），為「減除土地漲價總數額後之餘額 」（G1、G2、G3 欄 ），
再乘上依房地持有期間長短所適用的稅率，為房地合一所得之應納稅額。
不過，由於申報書第C1-1頁主要目的是為了計算稅額，故表格中房地交易課稅所得、減除土地漲價總數額之餘額，若是損失，填寫指引是「以 0 填入」，才得以計算稅額。
房地合一交易損失
無法與基本所得額相抵
計算營所稅本稅、分開計稅之金額後，還得計算基本所得額，以判斷是否須申報最低稅負。依申報書第 2
頁「課稅所得額」依次加上證券交易所得、各項免稅所得，即為「基本所得額」。基本所得額扣除 50 萬元乘以稅率 12%
為「基本稅額」。若基本稅額大於一般所得稅額（應納稅額減投資抵減），即須向稅局補繳差額稅款。