公司適用盈虧互抵的要件之一為「如期申報」，財政部認為「如期申報」應「報繳合一」，須於申報期限內自行繳納稅款並完成申報。不過最高行政法院判決認為此為增加法條所無之要件，因此財政部發布解釋令明確規定，如期申報仍須報繳合一，僅放寬逾期繳納情節輕微者。
財政部日前發布解釋令（1101 令），公司適用盈虧互抵須符合「如期申報」，若公司未能於申報期限內完成繳納稅款，但在3日內補繳稅款，尚未被加徵滯納金者，仍可適用盈虧互抵。
稅局見解：如期申報須報繳合一
根據所得稅法第39 條第1 項的但書規定，經會計師查核簽證並「如期申報」者，可將稽徵機關核定的前十年虧損自本年純益扣除後（盈虧互抵），再計算當年度稅額。何謂「如期申報」？在期限內向稽徵機關申報即可，還是亦須繳清稅款？
實務上，通常由稅務代理人協助公司進行所得稅申報，至於能否在截止日前繳納稅款，則取決於納稅義務人財力狀況或注意能力。因此，若納稅義務人財務困難或輕忽，可能如期提交申報書，但未能如期繳納稅款。
一直以來，稽徵機關認為應「報繳合一」，「申報」與「繳納」稅款均須在期限內完成，才符合「如期申報」要件。如果納稅義務人未能在期限內繳清稅款，即使已如期提交申報書，仍未符合「如期申報」，因此不能適用盈虧互抵。