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為協助營業人保有較多現金以供彈性運用，渡過嚴重特殊傳染性肺炎（COVID-19），財政部日前發布「財政部各地區國稅局受理營業人因嚴重特殊傳染性肺炎疫情影響申請退還營業稅溢付稅額審核作業原則」（下稱審核作業原則），若符合受疫情影響之條件，或是接受中央目的事業主管機關之紓困或振興者，且稅籍登記狀態為營業中之營業人，可申請退還營業稅留抵稅額，每家上限30 萬元。適用期間則依嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例（下稱紓困特別條例）之適用，自今（2020） 年1 月15 日至明（2021） 年6 月30日止。
營收驟減或接受紓困者可退稅
當營業人進貨的進項稅額，大於銷貨的銷項稅額時，溢付的稅額應留抵下一期的營業稅，不能向稅局申請退稅，惟營業稅法第39條第2
項但書規定，情形特殊者，可報請財政部核准退還。因應COVID-19
疫情，賦稅署新聞稿表示，為了協助營業人申請退還溢付稅額，因此訂定審核作業原則，授權各地區國稅局從寬認定退稅，無須逐案由財政部核准。申請方式為適用期間內備妥申請書及相關文件，向所在地的國稅局申請。
申請退還溢付稅額之營業人，除了必須仍為營業中的營業人，申請條件須符合以下情形之一，稅款將退回至營業人之金融帳戶，或是領取退稅支票：
1.
有經中央目的事業主管機關依紓困特別條例提供紓困或振興，例如經濟部、交通部、衛生福利部、行政院農委會、文化部⋯等主管機關之紓困或振興，申請時必須檢附主管機關提供紓困之證明文件。
2. 受疫情影響致使短時間內營業收入驟減，從今年1 月起任何連續2 個月，平均營業額較去年12 月以前6
個月，或較去年同期平均營業額，減少達15%以上者。符合此資格者免付證明文件即可申請。審核作業原則之營收驟減，與財政部先前所發布之各項稅目申請延期或分期繳納之營收驟減，兩者條件相同，因此業者可視自身申報狀況提出申請。
退稅30萬元以內可適用
可申請退還的留抵稅額，以401 申報書之115 欄「本期（月）累積留抵稅額」之餘額為準，至多可申請退還30
萬元，超過30
萬元之餘額，仍應留抵應納營業稅。換句話說，可申請退還的留抵稅額，不限於紓困特別條例適用期間所產生的溢付稅額。不過，營業人若確實受到疫情影響而營運困難等情況特殊者，申請退稅超過30
萬元者，也可依營業稅法第39 條第2 項但書規定，向所在地國稅局另案申請，由財政部核准後退還。
舉例來說， 甲營業人今年5 月中旬申報3、4 月份之營業稅，並於5 月下旬依審核作業原則規定，申請退原溢付稅額20 萬元。甲於7月中旬完成5、6
月份之營業稅申報，此時留抵稅額為50 萬元，甲若再向稅局申請退還留抵稅額，至多能再退回10 萬元，也就是退稅金額總額須在30
萬元以內。甲可在紓困特別條例的適用期間內，多次或一次向稅局退回總額30 萬元以內的營業稅溢付稅款。
不過，
若在退稅前，營業人已有欠繳稅款，或有相關滯納金、滯報金、怠報金、利息或罰鍰者，國稅局會先以留抵稅額抵減，並且納入累計30
萬元的退稅限額之後，才會就餘額退回予營業人。