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為預防及消除適用租稅協定衍生爭議，經濟合作暨發展組織（OECD）發布的避免所得稅雙重課稅及防杜逃稅協定範本中定有「相互協議之程序」規定，我國目前簽署生效32個所得稅協定均有採納，惟為建立相互協議標準化程序，財政部日前訂定發布「適用所得稅協定相互協議程序作業要點」，申請人如認為我國、締約他方或締約雙方之行為，對其發生或將發生不符合適用之所得稅協定規定之課稅，例如雙重居住者身分判定、常設機構認定及其營業利潤歸屬產生之重複課稅、移轉訂價調整、預先訂價協議、無差別待遇爭議、消除雙重課稅規定適用爭議、其他所得稅協定適用或解釋產生之重複課稅及未能依所得稅協定消除之重複課稅爭議，在所得稅協定生效期間案件均為適用範圍，申請人原則上應於接獲課稅通知之日起三年內提出申請。