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蔡英文總統於9月5日主持總統府記者會，正式宣布行政院院長林全請辭獲准，新任行政院長將由臺南市長賴清德接任。總統表示，林全院長率領內閣期間，推動了五加二產業計畫、能源改革、轉型正義、年金改革、前瞻基礎建設以及司法改革；也將社會住宅、長期照顧、托育、空污整治、反毒、食安等政見，轉化為具體的施政計畫。接下來賴院長執政團隊的重心，將逐漸從「規劃」轉為「執行」，全力衝刺。賴清德表示，行政是一棒接一棒，每個階段都有不同任務，未來將秉持做實事的精神，與行政團隊誠實面對各種問題，務實擬定各種計畫，踏實地解決問題，展現執行力，提高效率，很快讓成績可以看得見，以符合國人期待。