稅捐稽徵法第48 條之1 規定，納稅義務人自動向稅捐稽徵機關補報並補繳所漏稅額，只要是未經檢舉、未經稅捐稽徵機關調查，就可以免除處罰。因此稽徵機關調查的時點，就是判斷是否會被處罰的關鍵。日前財政部修正了營利事業所得稅、綜合所得稅、營業稅、遺產稅之調查作業步驟及調查基準日之規定，整理如表一。本次修正看得出是簡化調查行為，如刪除調卷；又以外部調查基準日為主，如改為函查日。
營利事業所得稅
就營利事業所得稅而言，稅捐稽徵機關對於審查異常案件，發文調查的對象將不僅限於營業事業或其關係人，未來發文調查的對象將擴及有關機關、團體、事業或個人，要求限期提供帳簿憑證資料接受調查，並且以對外發函調查的函查日為調查基準日。
舉例來說，甲營利事業之營所稅擴大書審案件（或未列選之查帳案件）之派查案件且稅局經線上審查發現有異常。108 年8
月1 日稅局對甲之有關營利事業乙發函，通知限期提供帳證等資料接受調查。乙告知甲，甲於108 年8 月5 日自動補報補繳，其後稅局又於108 年8 月10
日對甲發函。在此例中，因營所稅之調查基準日為「函查日」8 月1 日，因此即使甲於8 月5 日補稅，也無法適用自動補報繳稅之免罰。
又若營所稅屬列選之查帳案件由原來進行函查、調卷、調閱相關資料或其他相同作為之日期並以最先作為之日為調查基準日，改為僅採函查日。綜合以上兩者可知營所稅目前皆僅採函查日為準。
綜合所得稅
就綜合所得稅而言，以往調查基準日為函查、調卷、調閱相關資料之日，因此調查基準日可能是稽徵機關內部開始進行之日，而頗有爭議。在規定修正後，一律以對外發函調查之日為基準日。而發文的對象可為納稅義務人，或有關機關、團體、事業或個人。
營業稅
就營業稅而言，調查基準日除了函查日之外，稅局內部調閱相關違章事證資料之日，也是調查基準日。這是因為稅局內部藉由資料交查，可找出進銷項資料不同的異常案件。而實務經常可見進貨退出或銷貨退回折讓證明單（四聯單）並未及時申報，隨著稅局電腦查案技術的進步，除非案件稅額不超過2,000
元，否則很有可能因晚於稅局經辦人員填報「營業人涉嫌逃漏稅交查資料簽收暨進行調查報告單」之日，而面臨處罰。
舉例來說，甲公司1、2 月向乙公司進貨，因故退貨。進貨退出折讓證明單開立100 萬元，收回營業稅額5 萬元，於108 年5 月15
日才於申報當期進項稅額中扣減，但乙已於108年3 月15 日申報銷貨退回證明單。營業稅承辦人員於108 年5 月3
日簽收「營業人進、銷項憑證交查異常查核清單」並調閱相關違章事證資料後，甲於5 月3
日後才申報進貨退出證明單。由於本類型案件之調查基準日採調閱資料日，因此甲仍會被罰。實務上過去交查異常清單過了2
個月多才會交由承辦人簽收，但是為了防堵虛設行號，財資中心將交查異常清單縮短至50 多天即產生交予承辦人。故實務上進貨退出折讓證明單漏報風險高，不可不慎。
遺產稅
就遺產稅而言，則將規定簡化，申報期限屆滿後稅局才調取違章資料或函查者，就以調取資料日或函查日為調查基準日；申報期限屆滿前已調取資料或函查者，就以申報期限屆滿之次一辦公日為調查基準日。因此對納稅義務人而言，若提前申報或申請延期申報，使在申報期內遺產稅承辦人先行將所收集資料與申報書資料核對，通知納稅義務人漏報，但因調查基準日尚未到達，故可進行自動補報繳而免罰。因此盡早申報或可減少漏報，值得一試。